朝廷既已全部覆亡，作为留都的南京很自然地成了明朝半壁江山的政治中心。这里当政和在籍的大臣如五雷轰顶，顿时乱成一团。对于他们来说，当务之急是立君。由于崇祯帝的三个儿子都被大顺军俘获，未能逃出北京，在没有直系皇位继承人的情况下，南京及其附近地方的大臣、勋贵、太监和拥兵自重的将帅就在拥立哪一位藩王的问题上展开了一场勾心斗角的争执。
以血统亲近而言，崇祯帝的祖父神宗朱翊钧的子、孙还有福王朱由崧、惠王朱常润、桂王朱常瀛（瑞王朱常浩原封汉中，李自成军入陕他逃至四川重庆，甲申六月被大西军处死）；神宗兄弟的儿子则有潞王朱常淓。
按照封建伦序观念，自然应该首先考虑福王、桂王、惠王。而在福、桂、惠三王中朱由崧又处于优先地位，这是因为第一，三亲藩中福藩（即老福王朱常洵）居长；第二，桂、惠二藩比崇祯帝高一辈，不如朱由崧援引"兄终弟及"（实际是弟终兄及）继统更为适宜；第三，桂惠二王在崇祯十六年（1643年）张献忠部进入湖南时逃往广西，距南京较远，福王却近在淮安。福王朱由崧在伦序和地理上占了明显的有利地位。
1、东林党人的恶劣影响
在这里，我们应当特别注意东林-复社中一些骨干人士在继统问题上所起的恶劣作用，他们的 一些偏见深入人心，一直沿袭到现在。事实上，当时的有识之士都主张由福王朱由崧继统，如淮抚路振飞"遗书南京兵部尚书史可法，谓伦序当在福王，宜早定社稷主"。
