南京在明朝初年是明帝国的首都,永乐年间迁都北京以后,南京作为留都一直保留了六部、都察院等一整套与北京相对应的中央机构。这种两京制度的特点是:皇帝和内阁大学士等决策人物都在北京,北京的六部等衙门是名副其实的中央权力机构;南京各衙门多为虚衔,公务清闲,任职官员被称为"吏隐",但地位一般不低于北京相对应的衙门官员。
在留都握有实权的是南京参赞机务兵部尚书、南京守备太监和提督南京军务勋臣。
自从大顺军兵临北京城下之日起,朝廷的一切政令无法发出,南京的高级官员大概在接到崇祯皇帝"命天下兵勤王"的诏书以后就再收不到邸报了。召兵紧急勤王和随之而来的音信不通,使南京各衙门大臣、守备太监、勋臣们越来越感到不安。
四月初一日,以南京兵部尚书史可法领衔发布了"号召天下臣民起义勤王捐赀急事"的南都公檄,檄文中提到"南北之耗莫通,河山之险尽失"之类的"宗社危情",表明他们已经笼罩在一种不祥的预感之中。
四月初七日,史可法率兵渡江准备北上"勤王";几天之后,他误信了一个不可靠的消息,写信给南京詹事府詹事姜曰广说,崇祯帝已乘舟由海道南下,太子也从间道得以逃出,南京的官员们信以为真,一个个喜形于色,奔走相告。谁知第二天就传来了朱由检在三月十九日自尽于煤山的消息,这消息在四月十七日被从北京逃出来的原大学士魏炤乘证实。