在随机应变上，史可法显然不是马士英的对手。当史可法在南京被拥潞、拥嫡各派人士弄得左右为难时，特约马士英会商于浦口，推心置腹地谈了各方面的纷争和自己的折中意见，马士英认为这是自己参与定策的重要机会，正如他后来所说："立桂，史意也。予曰：亦佳，但须速耳。"他甚至在同史可法达成协议。后曾经邀请南京各衙门官员赴浦口当面宣布这一决定，借以显示自己是参与定策迎立桂王的第二号人物。谁知南京六部等大臣认为凤阳总督不过是地方高级官僚，无权召集朝廷大臣开会。
自感扫兴的马士英回到凤阳，得知太监卢九德同高杰、黄得功、刘良佐已决定拥立福王，开始是大吃一惊，然而他毕竟屡经宦海浮沉，老于世故，看准了朱由崧要当皇帝已难阻止，有将帅统兵为后盾，有太监在旁翊赞，不足之处正是缺少一员大臣。
马士英立即转向，同高杰、黄得功、刘良佐、卢九德等人在凤阳皇陵前立誓拥戴福王，成了定策第一文臣。为了取得在即将建立的南明朝廷首席大学士职位；他抓住史可法为拥立桂王而列举福王七不可立的来信作为把柄，又针对南京等地东林党人拥潞之声甚嚣尘上，带领兵马护送朱由崧直抵浦口，并且在立福已成定局的情况下发出表文声称："闻南中有臣尚持异议，臣谨勒兵五万，驻扎江干，以备非常，志危险也。"
这一着棋实在厉害，南京最高文臣史可法知道自己上了大当，攻击福王的书信落在马士英手里，白纸黑字，有口难言，他除了满腹悔恨地默默跟随福王朱由崧由浦口乘船前往南京就任监国以外，别无其他选择了。
弘光一朝党争的激化、武将的跋扈，最后导致覆亡，关键都是从这里引伸出来的。李清写道："使诸臣果以序迎，则上何至书召四镇，士英与杰又何得居功？非钱谦益、大器误之而何？"钱谦益、吕大器固然是拥立璐王的主谋人物，但是真正一度拥有决策大权的是史可法，他在这样的重大问题上态度游移，没有断然决定拥立福王，致使朱由崧求助于镇将，从此大权旁落，应当负主要责任。
四月二十九日，福王朱由崧在史可法陪同下，乘舟抵达南京城外燕子矶，南京官绅均往朝见。五月初一日，朱由崧登岸,先拜谒孝陵然后从朝阳门进城，驻于内守备府。五月初三日，朱由崧在南京就任监国。五月十五日，朱由崧正式即位为皇帝，改明年为弘光元年。
第二天，马士英入阁主持政务兼任兵部尚书。史可法于十八日陛辞。三十日渡江往淮阳督师。尽管在整个弘光时期，史可法的加衔都略高于马士英，但在朱由崧监国仅半个月之后即被排挤出外，足以说明他的失势。
