一个庞大而复杂的国家，意味着会有大大小小的问题需要处理。上文中提及的北元长期以来都是明朝的心腹大患。在朱元璋北伐灭元之后，蒙古皇族北逃建立北元，其势力依然不容小觑，即使朱元璋、朱棣等明帝多次发兵深入其漠北腹地进行打击，依然没有铲除其威胁。万历年间丰臣秀吉在基本统一日本后野心膨胀，两度进犯朝鲜，一度成为威胁，而同样是来自日本的倭患（从人员构成上看为中日海盗的联合）则在嘉靖期间对东南沿海地区造成了巨大的破坏。此外，西南土司与中央的对抗（以讨伐播州土司杨应龙的播州战役为代表）也损耗了明朝的国力。这些危害国家和平统一的因素有的长期都存在，有的出现在相近的历史时期（如包含万历援朝战争和播州战役在内的万历三大征就发生在短短的1592至1600年间），客观上给明朝带来了巨大的军事和经济压力。
明朝政治制度自身的缺陷而从明帝国国家机器的内在上看，封建政治制度的运转效率较低，治理能力较为有限，严峻的问题压倒了不够强大的政治制度，封建王朝的兴衰过于依赖君主的能力大小，执政者是朱元璋或朱棣这类能人则能处理或控制各种问题，而当君主的能力不够时，结局可想而知。实际上封建王朝的国祚如何，也像生产力不发达时的农业一样，有靠天吃饭的成分。
明朝为何灭亡
