上世纪60年代，到了三年困难时期，生产队又把征购了的土地要了回去。从那时起，人口也迅猛地流入园内。于是农民便大规模地进行平山、填湖、造地、砍树、拆遗址、盖房子活动。更有甚者，公社一级的马场、猪厂、鸡场、鸭厂、大型的面包厂、机械修造厂、区供销社的土产部、区级印刷装钉厂、打靶场……都在这块无人管理的土地上发展起来，居然成了一个自由王国，各自随心所欲，毫无顾忌地去改造这个遗址。
圆明园内遗址，10多个企业单位先后进入，占地约23公顷，大小20多个居民点相继形成，其中大部分都座落在遗址的中心地带，有的还建在著名景观区旧址之上。清华大学的单身教职工宿舍--园内唯一遗存的古建筑"正觉寺"，一直到60年代，依然保持的很完好。
后来清华大学退出，海淀机械修造厂乘机进入。特别是从1975到1977这两三年中，该厂大量修造厂房及生活区，乱拆乱建，致使百分之九十被毁光，并且砍光了近百株的松柏树林。至此，一处仅存的完整的圆明园之遗存古建筑，宣告消灭。
