但是，在凌烟阁的排名中，秦叔宝的名字则在最后面，主要是因为：他在帮助李世民打江山的时候，那种不要命的打法导致了他疾病缠身。尤其是在唐朝统一天下后，变得无仗可打，最终，只能在家修养。
秦叔宝曾经无所顾忌地对别人说："我从上战场到现在，前前后后共打了两百多次，很多次都身受重伤，流血不计其数，身体怎么可能不出问题呢？"而凌烟阁的排名，则是在秦叔宝去世五年之后，所以，有什么必要去和活人竞争排名问题呢？实际上，这期间还发生了许多不为人知的事情。
根据历史记载，目前已知的只有《旧唐书》中，记录下了秦叔宝的生平事迹，而其它的唐史中，却是少有提及。很有可能是秦叔宝曾经未曾参与李世民的内乱，而是始终保持着中立的态度，最终，在李世民需要人表态的时候，秦叔宝却没有出面，这也导致其功过相抵。
虽然，他在战场上无所畏惧，但是，在关键的时候没有主动选择站队，这应该也是他排名靠后的原因。不然，他在军功上能够屡创奇迹，但是，在凌烟阁排名上，却是靠后就很难说得通。
