一年之内三败朝廷大军，燕王朱棣已有足够力量和朝廷对抗，朝廷想消灭燕军已成奢望。白沟河大战后，朱棣率部南下，取得济南之战、东昌之战、藳城之战等战役胜利，朱棣已饮马长江，随时威胁京城。
建文三年（1491年）朱棣发动渡江战役，先突破盛庸设置防线，又拿下盱眙、扬州、高邮等地，扫清京城周围防御力量。
建文帝见状不妙，多次派人和朱棣谈判皆未获得相应结果。外无援军，内部人心浮动，朱允炆陷入绝境。这种情况下，朱棣率部进驻龙潭，朱允炆大惊，一方面让人继续谈判，另方面让藩王及武臣守卫各门，谷王朱橞、李景隆见局势已无法扭转打开金川门投降，燕军顺利进城。
朱棣进城后，朱允炆在宫中放火，朱棣迅速进入皇城平息火灾，奈何并未找到朱允炆，朱棣在众人拥护下成为大明王朝下一任皇帝。关于朱允炆行踪有各种说法，朱允炆死于自焚，朱允炆由密道逃出南京，落发为僧，至今关于朱允炆之死并未有明确说法，成为历史一大谜案。
