朱以海觉得很有道理，以此行事，短短半年内就收复福建多个府县，在他的激励下，福建抗清情绪高涨，史料上的记载是“义师起，八郡同日发。”
悲催的是，形势一片大好之际，这个政权又开始内讧了。
朱以海到福建后，郑芝龙的侄子郑彩不愿降清，归顺朱以海，是朱以海得以在福建立足的大功臣。
但是，郑彩也没安着什么好心，打算像郑芝龙控制朱聿键一样，控制朱以海。为达成这个目的，他无缘无故击杀熊汝霖，逼死朱以海的另一个重臣郑遵谦。朱以海以跳河相胁，才让郑彩稍微退让。
但郑彩和绍兴过来的官员们依然矛盾重重，之后多次欺压兵部尚书钱肃乐，把钱肃乐气得呕血而亡。
内部如此混乱，政权的战斗力自然大为下降。而且同在泉州和漳州一带活动的郑成功尊崇朱聿键，不愿听从朱以海的号令，对郑彩更是极为厌恶，堂兄弟俩火并，郑彩败，迫不得已向朱以海求援。但朱以海手下诸将也恨郑彩，不但不救，还趁机收编郑彩的部队。
朱以海抗清的念头挺坚决的，但和朱聿键一样，没翻起太多水花，被清军击败后主动与郑成功和解，寓居金门，康熙元年病逝，是南明诸政权中结局最好的一位。
