其实在朱棣顶层设计中，东厂和锦衣卫二者有明确界限。东厂的职责"访谋逆妖言大奸恶等，与锦衣卫均权势"，在东厂刚建立时，东厂只有侦缉、抓人的权力，审讯犯人还是由锦衣卫负责审理。朱棣將两个机构分开，主要目的是希望东厂和锦衣卫能够分权与制衡。这样才能更好的维护皇权的独大。
而论起权力地位，东厂还要凌驾于锦衣卫之上。首先锦衣卫的首领一般由皇帝的亲信武将担任，其中成员是由将军和校尉组成，而东厂则是由皇帝心腹的宦官负责，论成员地位，锦衣卫要高于东厂。
但即使是这样，东厂的权利还是要高于锦衣卫，由于东厂的首领每天伴随着皇帝左右，只要东厂成员打探到消息，皇帝都是第一时间知道，因此皇帝对东厂给予了厚重的希望也更加偏向于东厂。
特别是到了明朝中后期，大太监一个又一个的出现，王振、刘瑾、魏忠贤，东厂之势力，遍及天下，连锦衣卫都得为其打工。
当时宦官手持重权，东厂的权利大大提升，锦衣卫见到东厂的成员都需要行跪拜礼，除此之外，锦衣卫的活动还被东厂密切监视着，可以说锦衣卫被东厂牵制着。
总的来说到了明朝中期和后期，东厂的权利要远远高于锦衣卫，而且可以不通过任何司法部门的允许缉拿臣民，施与刑狱！
