卢象升的阵亡，使得大明朝廷再次慌了神，急调洪承畴、孙传庭入京。杨嗣昌、高起潜害死卢象升后，崇祯皇帝非但没有怪罪，仍旧继续委以重用。在对待东北清廷的问题上，孙传庭跟卢象升是一样的，是坚定的主战派。之前杨嗣昌曾提出对清廷议和，而集中力量对付农民军的剿匪方略。孙传庭认为不可行，因此遭到杨嗣昌的嫉恨。而洪承畴则圆滑的多，既不赞成也不反对，博得了杨嗣昌的好感。所以杨嗣昌、高起潜这种主和派作梗，崇祯皇帝下诏，孙传庭不得觐见皇帝。而洪承畴率军抵达后，崇祯皇帝亲自去京郊慰劳。这种有意的区别对待，使得孙传庭大为失望。
杨嗣昌奏请洪承畴任蓟辽总督，统帅东北。但是，杨嗣昌仍旧忌惮孙传庭，要剥夺孙传庭兵权，将秦兵留下归洪承畴调度，共同防守辽东。孙传庭字字血泪："秦军不可留也。留则贼势张，无益于边，是代贼撤兵也。秦军妻子俱在秦，兵日杀贼以为利，久留于边，非哗则逃，不复为吾用，必为贼用，是驱民使从贼也。安危之机，不可不察也。"孙传庭认为，秦军留在辽东，陕西空虚，起义军会死灰复燃。秦军家眷都在陕西，陕西出事，秦军各个无心守辽土，必定逃跑哗变，一旦逃跑回到陕西，很可能就会加入起义军。杨嗣昌此举无异于逼民起义。结果有了崇祯皇帝支持的杨嗣昌对孙传庭的建议置之不理。孙传庭一气之下耳朵聋了。
第二年，崇祯让孙传庭都督保定、山东、河南三镇军务。孙传庭请求进谏皇帝，在杨嗣昌作梗下，崇祯皇帝下旨不见。伤心至极、耳朵聋了的孙传庭请求辞职休息。结果，明末历史上最有意思的一幕出现了，杨嗣昌对崇祯皇帝说，孙传庭是装病托辞。于是崇祯皇帝大怒，派巡抚杨一俊去看看孙传庭是不是真的聋了。杨巡抚回来后说，真的聋了。崇祯大怒，将杨一俊下狱。然后，崇祯又将战功赫赫的孙传庭下狱，满朝文武都知道孙传庭冤枉，但是没人敢出头替他申辩。孙传庭何罪？杨一俊何罪？这就是传说中总被群臣蒙蔽的、自己特别勤政的崇祯皇帝。真的是诸臣误皇帝？历史自在人心。孙传庭下狱三年，三年间，本已经销声匿迹的闯王李自成，再次出山，在河南地区再度成了气候，拥兵几十万，官军一败再败。
>明史：嗣昌又劾其托疾，非真聋，帝遂发怒，斥为民，下巡抚杨一俊核真伪，一俊奏言："真聋，非托疾。"并下一俊狱。
三.被逼出战，一代名将身死
