同日，也就是哈佛董事会开会决定是否保住盖伊的职位的前一天晚上，一份有关盖伊存在学术不端的报告被发表。保守派教育活动家克里斯托弗·鲁福（Christopher Rufo）发表文章，强调了盖伊在其1997年博士论文中存在不当引用和剽窃问题。这份报告成为引发盖伊最终辞职的导火索。
随后保守派新闻媒体《华盛顿自由灯塔》发表了几篇文章，详细介绍了有关她发表的学术文章的众多指控，并向哈佛大学文理学院研究诚信办公室提交的两份正式投诉。据悉，相关指控总数高达约40项。
值得注意的是，虽然有关盖伊文章存在不当引用和剽窃的传说早已在匿名留言板上出现了几个月，但此前并没有引发外界大量关注。
此后，500多名教职员工签署了一封联名信，支持盖伊，并敦促哈佛大学董事会"抵制与哈佛对学术自由的承诺相悖的政治压力"，"捍卫哈佛大学的独立性"。
12月12日，董事会曾发表声明称盖伊将留任，并认为相关报道中的违规行为并未上升到"研究不当行为"的程度。
1月2日，盖伊宣布在与哈佛大学管理机构的成员协商后，她将辞职。"很明显，我辞职符合哈佛的最佳利益，这样我们这个集体就可以在这个充满挑战的时刻，将注意力集中在学校本身，而不是任何个人。"自此，盖伊结束了其作为该校近400年历史上第一位黑人校长的任期，也成为哈佛史上任职时间最短的校长。
针对盖伊的辞职，哈佛大学肯尼迪学院历史、种族和公共政策教授哈利勒·纪伯伦·穆罕默德对《纽约时报》说："这是一个可怕的时刻，共和党国会领导人已经向学院和大学的独立性宣战，就像州长德桑蒂斯在佛罗里达州所做的那样。他们只会因为盖伊的辞职而更加胆大妄为。"
美国《野兽日报》称，保守派逼迫盖伊辞职，是想把支持"黑命贵"和"学术去殖民化"等左翼观点的人打成"政治贱民"。文章称，其实保守派搞这些就是要针对左翼搞"文化伏击战"。一直要求将盖伊解职的哈佛犹太校友、亿万富翁阿克曼日前抱怨称，"哈佛大学考虑校长人选时，只在乎多元、平等和包容标准而罔顾其他。"
现在参与国会听证会的三位校长中，只有麻省理工学院的校长，犹太人莎莉·科恩布鲁斯博士仍在职。预计她的去留问题将成为接下来关注的重点。
