张居正之所以整顿吏治，主要还是为了推行税赋改革，增加明王朝的财税收入，从而实现富国富民的目的。从某种意义上说，张居正的吏治整顿，并没有深化。但是，这也已经影响了很多官员的利益。尤其是在明代官员薪俸普遍不高的情况下，张居正的改革，算是断了他们的财路。所以，他们都把积怨堆积在张居正身上。
二、豪强地主的积怨。
张居正为了缓和社会矛盾，抑制豪强地主兼并土地，增加国库收入，大刀阔斧地进行了财赋改革。
当时大明王朝存在的很大问题，是财税收不起来。收不起来的原因，主要是规则出现了很大漏洞，同时，豪强地主兼并土地，瞒报地亩，官员则层层盘剥，巧取豪夺。最终，财税的沉重负担，都压在贫苦老百姓的身上。以至于老百姓大量逃荒，这也造成了大片土地荒芜等现象。
为了解决这个问题，张居正首先实施"清丈土地"的措施，搞清楚真实的地亩情况，避免豪强地主的瞒报，是解决财税问题的基础。不过，由此也引发了很大的矛盾，很多官员认为张居正这样做，并不能解决根本问题，连海瑞等人也认为是下策。而因为动了很多豪强地主的奶酪，他们反抗非常激烈。
但是张居正并没有动摇决心，反而坚定地实施了下去。
在清丈土地的基础上，张居正实行了财税收取的"一条鞭法"。"一条鞭法"的好处是，让"丁"和"亩"更加贴近，同时把赋役整合起来。可以说，是一个非常有效而且影响深远的财税收取办法，起到了很好的作用。
(万历皇帝剧照)
三、万历皇帝的积怨。
万历皇帝的积怨，就是张居正一直把持着朝政。朝堂上的事情，都是张居正说了算。尽管各项措施，张居正每次都会向万历皇帝上奏。但是，一来，万历皇帝只是一个小孩子，他也没有什么主张。二来，就算万历皇帝不同意，张居正也会迫使他同意，坚决落实下去。因为，万历皇帝觉得自己的存在感很不强。
还有一点，张居正为了努力丰盈国库，除了搞财税改革外，还在全国上下厉行节约。这种要求，不仅对官员和百姓，对万历皇帝也这样。
比如，万历七年的时候，万历皇帝曾向户部索取十万金，拨给光禄寺，用来改善他的伙食。但是张居正坚决不同意，据理力争，给万历皇帝讲国家很贫穷，必须要艰苦奋斗道理。万历皇帝没办法，只得听张居正的。还有，万历皇帝要修慈庆宫、慈宁宫、武英殿。张居正也严厉禁止。甚至对宫中烛火的使用，也进行了严格的规定。不但取消节庆燃放灯火，而且把万历皇帝晚上的课程，改到白天来上，以此减少烛火的开始。如果有什么宴请，能不办的都不办，能节约的都节约。
万历皇帝是一个皇帝，又是一个小青年。从小在宫中长大，根本不清楚生活的艰辛。因此，张居正对他规定的关于节约的要求，在他看来，不是要艰苦朴素，勤俭持家，而是张居正把持朝政，弄权专横，心里非常不满，积怨越来越多。
不过，虽然有积怨，但是他也明白自己没道理，不可能罢免张居正，所以还一直隐忍着。
这种隐忍，一直延续到张居正去世。
当张居正去世后，万历皇帝立刻就和朝中大臣以及豪强地主勾结起来，挟私报复，快意恩仇，严厉打击张居正，让张居正最终出现了悲惨的结局。
(参考资料：《明史》)
