在2001年的瓦杰帕伊政府时期，印度海军曾一度以简化与陆军和空军旗帜通用性以及"去殖民化"的目的在海军旗上取消了圣乔治十字，当年4月30日获得印度总统批准并于8月15日生效，这面海军军旗取消了旗面上的圣乔治十字设计，旗面上左上角有印度国旗，右侧白色部分绘有蓝色的印度海军军徽，不过这面军旗因为"颜色难以与天空和海洋区分"而在2004年被废弃，并重新启用了圣乔治十字的军旗设计，与最早版本军旗的区别在于，04版海军军旗在圣乔治十字交叉部分增加了金色的印度国徽图案（2014年还进行了小幅修改，在国徽下面增加了梵文书写的印度的国家格言"唯有真理得胜"）。
2001-2004年印度海军所使用的军旗
2004年后印度海军恢复了圣乔治十字样式军旗，但在中央加了印度国徽图案（2014年增加了梵文国家格言），一直使用至今
