很多人都是说正史中的秦琼换过很多主公，也不算一等一的忠臣，但是我们从正史中也能看到：秦琼加入瓦岗军，是跟上级裴仁基一起去的，他在伤病中被王世充俘获，但却没有留恋"龙骧大将军"的职位，而是在阵前带着程咬金、牛进达（小说中尤俊达的原型）一起奔赴唐营，王世充的千军万马大眼瞪小眼，谁也没敢追。
《旧唐书·列传第十八》和《新唐书·列传第十四》，为我们描绘了秦琼的征程：在齐郡通守张须陀麾下，秦琼跟罗士信带着一千人实施突袭，为一万破十万奠定了胜局（贼众十余万，须陀所统才十之一）；在张须陀阵亡后，秦琼收拢余部撤退到虎牢关，成了河南道讨捕大使裴仁基的部属；裴仁基在奸臣欺压下投奔瓦岗军，秦琼也随同前往；在瓦岗军，秦琼受到李密高度重视（密得叔宝大喜，以为帐内骠骑，待之甚厚），其地位超过了瓦岗元老单雄信（翟让的老朋友）。
秦琼很能打，无论是在张须陀的隋军，还是在李密的瓦岗军，在危急关头，总是秦琼出来收拾残局：当年打拥有十万大军的卢明月，如果不是秦琼挺身而出，已经粮尽援绝的张须陀根本不可能全身而退，更不要说最终取得战役的胜利了。
要是没有秦琼，李密连投奔唐朝的机会都没有，在黎阳之战中就被王世充干掉了："密与化及大战于黎阳童山，为流矢所中，堕马闷绝。左右奔散，追兵且至，唯叔宝独捍卫之，密遂获免。叔宝又收兵与之力战，化及乃退。"
