在噶尔丹进攻喀尔喀蒙古之后，哥哥策妄阿拉布坦趁着噶尔丹后方兵力空虚，先是占领了噶尔丹原有的领土，将噶尔丹遏制在科布多地区不能脱身，随后策妄阿拉布坦又与清朝康熙皇帝的军队彻底击败了噶尔丹，逼得最后噶尔丹兵败自杀，在噶尔丹死后，哥哥策妄阿拉布坦派遣使臣到清朝将弟弟噶尔丹的尸体献给清朝的康熙皇帝，同时也向康熙皇帝表现出臣服之意，策妄阿拉布坦的表现令当时的康熙皇帝十分满意，康熙皇帝在其归降的第二年，帮助了策妄阿拉布坦成功的登上准噶尔汗国的大汗之位。
策妄阿拉布坦登上汗位后，和他的弟弟噶尔丹一样，四处搞扩张，策妄阿拉布先是率军征服了当时的哈萨克汗国，哈萨克汗国又在后来分裂成三个小汗国，这三个分裂的小汗国，最后也全都臣服了准噶尔汗国，准噶尔汗国在策妄阿拉布坦统治时期，是准噶尔汗国实力最强的时期，随着权力越来越大，准噶尔汗国大汗策妄阿拉布坦也渐渐地开始有了异心，也渐渐开始不服从清朝的管制，因此与清朝的矛盾越来越深。
公元1717年，准噶尔汗国大汗策妄阿拉布坦派大策凌敦多布率军攻占拉萨，杀死了西藏和硕特汗国的汗王拉藏汗和他的儿子们，和硕特汗国也因此灭亡，策妄阿拉布坦统治了西藏地区，清朝在得到消息后，康熙皇帝先是从四川派兵前往西藏征讨大策凌敦多布，所率领的军队，不过令人遗憾的是，这次清朝的军队被大策凌敦多布击败，随后康熙皇帝派十四阿哥胤禵作为主帅，年羹尧和岳钟琪作为副将跟随大军前往西藏征讨大策凌敦多布的军队，在主帅十四阿哥胤禵的指挥下，岳钟琪和年羹尧的运用战术巧妙的攻打之下，最终击败大策凌敦多布的军队，大策凌敦多布在兵败后，率领残部返回准噶尔汗国，西藏重新的回到了清朝的手中，西藏之乱正式平定。
随后清朝又派军队对准噶尔汗国进行了征讨，清朝的军队在这次进攻中一直处于上风，一度占领了准噶尔汗国一部分的疆域，不过后来因为康熙皇帝去世，大军不得已返回。
