俘杀高迎祥之后，孙传庭又先后镇压了张妙手、蝎子块、马进忠、圣世王率领的义军，基本平定了关中以南地区。崇祯十一年二月，孙传庭与洪承畴精心谋划，在潼关南原以重兵设伏，围剿继任闯王李自成部，杀得义军尸积如山，几乎全军覆没，李自成仅带18骑突围而走，逃入商洛山中。正当孙传庭和洪承畴展开大规模搜捕之际，朝廷却令两人火速率部勤王。原来这一年九月，清军（1636年皇太极称帝，改"大金"国号为"大清"）对明朝展开了大规模进攻。笔者认为这是皇太极的谋略，一方面让明军跟义军火拼，互相消耗实力；另一方面，又不能让义军被彻底消灭，使明廷减轻负担。清军攻势迅猛，蓟辽总督吴阿衡、宣大总督卢象升先后战死，清兵逼近京师。在这种情况下，明廷不得不让最杰出的两位将领暂且放下义军不管，全力对付清军进攻。
洪承畴、孙传庭抵达京郊后，受到了不一样的待遇，洪承畴入宫觐见皇帝，被任命为蓟辽总督。孙传庭却因为跟兵部尚书杨嗣昌不合，被他使绊，不仅没见到皇帝，还把他率领的陕西军全部留下，用来守卫蓟辽。孙传庭被任命为保定总督，但手下无兵，成了光杆司令。他气不过，就上疏请求面见皇帝，又被杨嗣昌阻挠下来。他一气之下称病告休，又被杨嗣昌奏报皇帝，说他称病乃是推脱之举。崇祯皇帝正为战事不顺烦躁，一听大怒，立即下诏将孙传庭贬为庶民，押入狱中待审。孙传庭在狱中呆了三年，此期间李自成得到了喘息之机，趁河南等地爆发灾荒，转入河南发动民众，拥有了几十万的队伍。熊文灿、杨嗣昌等人多次带兵围剿，都被李自成打得大败。
