不知道是因为政派的原因还是治国理念的不同，作为慈禧比较仰仗的人，李鸿章和左宗棠始终不太对付。
李鸿章主张要把所有的重心放在海防上，毕竟，西方列强才是悬在头顶的一把尖刀，时刻能从海上入侵内地。而左宗棠却提出在加强海防的同时还要加强内陆边塞的防卫，李鸿章却不以为然，因为此时财政艰难，两手抓的后果只能是顾此失彼，两个都无法保全。
因此在新疆问题上，李鸿章的建议是：不毛之地不值得劳民伤财的大动干戈，舍弃新疆，全身心的防卫内地，才是万全之策。左宗棠对此大为驳斥，先不说"祖宗疆土，一寸也不能丢"的套话，就是新疆的战略意义实在是举足轻重。
左宗棠对慈禧说道："丢失新疆，则蒙古失去屏障，失去蒙古，则京师危在旦夕"，也许是看到左宗棠如此的决心，这一次，慈禧完全站在了他的这一边，命左宗棠为钦差大臣，全权负责收复新疆的事务。
