其次，大顺军余部没有固定的根据地，李自成在北京、西安相继失败之后，率领大顺军南撤，大顺军放弃了原本占领的所有地区，彻底退回到了原来的流动作战状态，而且因为没有强有力的领导核心，导致大顺军在与南明合作的同时没有争取到一块足够大、足够稳定的根据地供大顺军发展，所以军队只能被不断消耗而无法发展壮大。而大西军余部则不同，在孙可望等核心力量的领导下，大西军余部经贵州进入云南，并在云南修养生息数年，再出山时大西军兵强马壮，粮草充足，器械精良，战斗力比张献忠生前有过之而无不及，而这一切都拜云南这个大后方所赐。
当然，仅仅有以上两个措施还不见得足够，还必须要有足够好的政策来配套。孙可望等人在云南三年多的时间采取了一系列的政策，治理云南地方的成绩显著。
第一，孙可望废除了大西国的国号，并提出了"共扶明后，恢复江山"的口号。这无疑是一个非常有远见的政见，在当时的情况下，能够摒弃前嫌，放弃张献忠建立的政权国号，希望能够和明朝联合，这是需要一定的远见和勇气的，而这一切孙可望做到了。虽然放弃了国号，但是孙可望等人却并没有放弃云南的地方政权建设，从朝廷到地方官员一应俱全，各司其职，将云南打理得井井有条。
第二，孙可望采取收取税赋的政策去取代之前对官绅、土司追饷的做法。虽然大西军余部人数庞大，养活这支军队需要大量的军饷，但是孙可望知道强迫没收官绅的财产只能解决一时之需，不是长久之计，只有采取适当的税赋政策才能取得云南上下人民的一致支持。此外，孙可望等人还铸造"兴朝通宝"，统一流通的货币促进了贸易的发展，经济也逐渐变得繁荣起来。
