除此之外，各个汗国之间矛盾与冲突都不少，比如旭烈兀带领的第三次西征时有一位钦察汗国王子神秘地死在其军中；旭烈兀攻占中东地区后大肆屠杀穆斯林，引起了穆斯林化的钦察汗国极大不满；忽必烈与阿里不哥争夺蒙古大汗位时窝阔台汗国的海都公开支持阿里不哥等等，两个利益集团为此打了几十年的仗，仇深似海。
第三：四大汗国或灭或乱，无力救援
公元1368年朱元璋建立明朝，同年，徐达、常遇春率军北伐先后攻陷山东、河北等地，最终于当年八月攻陷元朝首都大都（今北京），元朝作为一个全国性质的统治结束。此后元朝以游牧民族北元政权的形式存在，直到1402年成吉思汗所创建的"黄金家族"北元最后皇帝坤·铁木耳被部将鬼力赤杀死，北元彻底灭亡。
