太和二十三年正月，南朝萧宝卷派陈显达进攻荆州，三月，孝文帝亲自带兵征讨陈显达，元勰协助统领军队。
途中孝文帝再一次发病，内外事务全都需要元勰定夺，每天忙得他衣不解带，顾不上整理自己的衣容，蓬头垢面。孝文帝人在病中，神志易怒难测，许多事情常常迁怒于元勰，对他厉声斥骂，其他的侍者一不小心就会被处死。
元勰小心维护劝解，同时请求孝文帝另选一位亲王掌管军政大事，自己可以集中精力料理皇帝的生活。
兄弟二人因此有一段谈话，论及孝文帝死后的权力安排。孝文帝说："如果我病不治，将来执掌军队、维护社稷的事，除了你还能靠哪一个？"
大军走到马圈，孝文帝的病势越来越沉重。此地距离陈显达的兵营只有几里路，众将奋力打败敌军。孝文帝嘱咐元勰说："我恐怕不行了。虽然这次打败了陈显达，但国家安危全在你一人身上，你是皇太子的叔叔，要尽力辅助他。"
