还有一项不得不提的改革是建文帝仿造古代的典章制度对明代的官制进行改革。
首先是他将内阁大学士改为学士，中极殿等殿设立学士各1人，又改谨身殿为正心殿，设正心殿学士。同时罢去公孤官。
其次，提高六部尚书的品级，将六部尚书由之前的正二品改为正一品。在六部尚书之下设立左右侍中，位在侍郎之上。这是提高六部尚书地位，同时在内部设立官职对六部尚书的权力进行制约，防止六部尚书权力过重的举措。
其三，将都察院的左右都御史改为都御史一人，革除佥都御史。对都察院的职能进行调整，把都察院的刑狱权废除，而让其专职监督百官。改通政司为通政寺，通政使为通政卿。翰林院改侍读、侍讲学士为文学博士。废除六科给事中，增设拾遗、补阙等官员。
