但刘巴真的是陶渊明式的清流吗？当然不是，他与司马懿一样，不愿出仕是因为没有看到明主，作为儒者，他的追求就是天下一统，而他知道刘表其人毫无进取之心，并不值得托付。所以当曹操兵临荆州，刘琮投降后，刘巴二话没说径直北上投奔了曹操，并受命回到自己的家乡招降江南三郡。但是时局的变化超出他的预测，他怎么也没想到孙、刘联合竟然打败了曹军，刘备更是率部占领了江南三郡，阻断了刘巴北上的道路。
刘备当然不会放过这样一个人才，便让诸葛亮写信前去招降，但被其回信拒绝，为了怕被刘备报复，甚至一路逃到了交州这种偏远的地方。当时刘琮投降的时候，刘备率军从新野退到了江陵，荆州那些不愿投靠曹操的识人纷纷追随其南下，达到了十余万之众。而刘巴却反道而行，北上追随曹操。他之所以看不上刘备主要有两个原因，其一他是个读书人，而刘备却是一个不爱读书，只爱飞鹰走狗的流浪军阀。其二，他认为刘备在荆州广施仁义，结交豪杰，动机不纯，实则是假仁假义。
