但是在这个时候，郭孝格却向李世民提出的建议，让他们不应该撤军，虽然寇建德他们人马很多，但是已经经过了长时间的行路，在这路途当中粮草的运送的相当不方便。我们只要将虎牢关守住，同时在另一方面派领军队断了他们的粮草。那么都有寇建德带领的大军一定会军心涣散，之后再一起出击就可以完全将他们击败。李世民听从了郭小格的建议之后，改变了要撤军的想法，采用了郭孝格的建议，李世民手下的大军果然一举歼灭了寇建德和王世充两大军阀手下的军队。郭孝格也因为这次建议立下了很大的功劳，被李世民封了上柱国。
在李世民登基之后，郭孝格先后担任了凉州地区的刺史，以及镇守西北边陲。西北地区距离中原地区相当遥远，在四边四周又是戈壁沙漠。西边很多小国家经常前去骚扰西北地区，这里的人们经常遭受到烧杀抢掠，生活十分艰难。
在郭孝格来到西北这个地区之后。带领的军队平定了西北地区常常将来骚扰的小国。在西域地区，他的名号也打响了，这些小国家也比不敢前来进犯。在建立了这么多的功劳，建立这么多的功绩以后，郭孝格这个人也慢慢变得骄傲自满起来。公元647年，龟兹国发生叛乱。李世民下发命令，让阿史那社尔和郭孝格两个人，带领唐朝大军前去征讨龟兹国。他们两个人带领的大军很快就攻破了龟兹国的都城。阿史那社尔率领着自己军队开始追击叛军，让郭孝格在龟兹国的都城当中驻守。
