从民心上来看，双方其实都不怎么得民心，吴三桂、尚可喜、耿仲明（耿仲明系耿精忠的祖父，耿精忠承袭其父祖的爵位），这三位三藩的藩王都是明军旧将，后来都是投降清朝，在清朝入主中原的过程中，这三位可谓居功至伟，双手都沾满了汉人的鲜血，不然清朝也不会破例封他们为王。1659年，南明永历帝朱由榔逃入缅甸被当时的缅王收留，后吴三桂军进入缅甸，缅甸王室发动政变，新的缅王把永历帝交给了吴三桂，1662年，永历帝父子及眷属25人在昆明篦子坡遭弓弦勒死，其身亡处后改名为逼死坡。但是就算这样，当打着"共举大明之文物，悉还中夏之乾坤"旗号的吴三桂反叛清朝时，还是得到了明皇室以及台湾郑经集团、部分汉人和少数民族上层人士的鼎力支持。
在三藩之乱之初，吴三桂军势如破竹，清军只有招架之功，几无还手之力，四方动摇，急的康熙帝都要御驾亲征后被大臣阻止。当是的八旗兵在江南已经养尊处优多年，其战斗力已经大不如前，倘若在战争初期吴三桂军乘势一举北上直掏清朝的国都北京，那么当时在中原立足未稳的清朝很有可能就要退回山海关以外了。然而吴三桂终究无帝王的境界，竟然一心想着与清朝划江而治，给了清朝喘息的机会，三藩被各个击破。另外吴三桂也有一帮"猪队友"，由于尚之信、耿精忠、郑经这三家紧挨着，相互之间矛盾重重，尚之信在1676年投降吴三桂的不久后又归顺清朝，后来被康熙帝处死。耿精忠最后也投降了清朝，最后被康熙帝凌迟处死。吴三桂曾多次写信给台湾的郑经，让其派遣舰队进攻清朝的大后方辽东，形成南北夹击之势，然而郑经对此却置之不理。清朝毕竟是全国性的政权，在人力、物力、兵力的调集上，"三藩"远远不能和清朝比，在经历了初期的慌乱之后，在绿营兵的协助下，1681年，清军获得了最后的胜利，三藩之乱被平定，全国一统的局面得以进一步巩固。当然三藩之乱又使得华夏生灵涂炭，无数平民被杀。
三藩之军，如果追根溯源，其实来自明朝的这两支军队，关宁军（关宁铁骑）和东江军。根据《明季北略》明确记载明军将领祖大寿组织家丁，形成一支善战的部队，被称为关宁铁骑，吴三桂之父吴襄是祖大寿的部下，祖大寿是吴三桂的舅舅，因此吴三桂军属于关宁铁骑。关宁铁骑是明末的明军精锐之一，给予后金（清朝）的八旗部队多次重创。1641年，祖大寿投降清朝。1644年，李自成的农民军"意外"地攻陷了大明的中枢北京，崇祯帝自缢，很遗憾，在关外的勤王之师吴三桂军没能及时赶到。这时在山海关外手握重兵的吴三桂成了左右局势的一个关键人物，如果吴三桂倒向了李自成的农民军（大顺政权），那么清兵就很难入关，在反复权衡和犹豫后，吴三桂投降清朝，引清兵入关。能够攻陷北京城，或许李自成也没想到，李自成是来碰运气的，而能够轻易入关，满清军事贵族集团其实也很意外。根据《中国人口发展史》的记载，明朝人口接近两亿（包括女真族），而明朝女真族的人口不过百万，估计也就50到80万，清顺治年间满洲八旗在籍人口约68万，对此满清军事贵族集团是有自知之明的，然而清朝却抓住了机会。在后来清朝统一全国的战争中，吴三桂军可谓立下了赫赫战功。
