臣职分所在，例应纠参，不敢因翁同书之门第鼎盛，瞻顾迁就。
这对于翁同书来说是一句极为致命的话，即便翁家 '两朝宰相，再世帝师，三子公卿，四世翰院'，在朝中有着深厚的人脉，事情也没有转机。翁同书被发配边疆，其父翁心存不久抑郁而终。翁家和李鸿章结下了梁子。
1891年元旦，北洋海军的有力支持者醇亲王奕譞去世，同年夏天翁同和主事的户部提出了海军外购禁令。这对于一个农业国家的近代化海军来说是非常致命的，很多军舰及装备自己不能生产，又不能进口，而同时期的日本每年都会购入两艘新式军舰。就是在这样的情况下，北洋海军和日本海军的装备出现了明显的代差。这是北洋海军在黄海之战中，失败的直接原因。
戊戌变法开始后，有一次因公光绪让翁同龢找康有为，翁同龢的回答，"此人居心叵测，我和他没有来往"。光绪帝不禁问，"既如此，为什么以前不说?"翁同龢说，"臣也是刚刚知道"。
这样首鼠两端，阴阳脸的行为，想必光绪也是厌恶的。
因为此时翁同龢不仅没有任何官职，而且还是戴罪之身，朝廷自然也就不会给他拨安葬费。直到宣统元年(1909年)，朝廷才下诏为其平反，并官复原职，追谥文恭。
