1645年五月，清军攻占了南京，弘光皇帝被俘。一个多月后，在礼部尚书黄道周、南安伯郑芝龙、福建巡抚张肯堂等人的拥护下，朱聿键在福州称帝，改元隆武，史称隆武政权。
朱聿键早年所受的各种磨难使得他拥有更丰富的人生阅历，这是明朝其他藩王所不具备的条件。更可贵的是，朱聿键胸有大志，锐意进取，精通政事，通达古今，而且没什么不良嗜好。如果是在和平年代，朱聿键这样的皇帝很可能会成为一代贤君。即便在战争年代，如果条件充分，朱聿键或许也有机会重振大明王朝。但可惜的是，朱聿键手中的"底牌"实在是太差了。
当时，隆武朝廷的主要军政大权都掌控在以郑芝龙为首的郑氏家族手里。朱聿键原本打算出兵北上，再联合各地义军，对尚未站稳脚跟的清军发动攻势。可是郑芝龙总是以部队还没有准备好为理由进行推脱。结果，难得的战机就这样在等待中流逝了。
摆在朱聿键另一个难题就是财政收入远远不足以应付军费的开支。当时许多官军和义军都是受到爱国主义感召汇集到了一起，可随着时间的流逝，热情逐渐消散，再加上长时间无法足额领到军饷，这些都对军队的士气产生了严重的负面影响。
