但实际并非如此，谷王朱穗和曹国公李景隆等人选择了开城受降，就在此时宫中突然燃起大火，而等到朱棣杀入宫中时，建文帝朱允炆却已神秘失踪。现场只留下在几具被烧得面目全非的尸体，已无法确认身份，太监说它们是皇帝、皇后和他的长子朱文奎的尸体。
朱棣听罢说道："小子，何苦如此！"。
朱棣画像
但实际上建文帝的下落，却始终没有得到确认的答案，成祖即位后，派出水路两线去寻访建文下落，路上是胡濙暗访，水线则是浩浩荡荡的郑和下西洋。建文帝下落作为明代最大未解之谜，大致有以下几种说法，道士论，和尚论，自焚论，跳井论，出海论。
道士论便是相传当初朱元璋在位时算到自己的后代会有难，所以就提前做好准备。京城被破时，建文帝本打算自杀，但老太监却拿出来了一个盒子，说是太祖早料到会如此，提前做好了准备，打开一看里面是一把剃刀，还有僧袍，于是建文帝便扮成和尚，悄悄从地道逃了出去，隐姓埋名的过完了之后的日子，朱棣死后才回到京城后葬于西山。这点我持怀疑理论，且不提朱元璋是否真的料事如神，其他方面也疑点重重，更像是一个民间传说故事。
