朱元璋、朱棣打算北征蒙古时，都是直接通过五军都督府调动军队，根本就不会理会朝中群臣是否同意。例如朱棣在永乐十九年时打算北伐，兵部尚书方宾和户部尚书夏原吉均以辎重筹备不足为由反对朱棣北征。朱棣恼怒之下直接将这两人治罪，改由礼部尚书吕震主持北征筹备事宜。次年，朱棣如期率军发动第三次北征。
土木堡之役之后，兵部掌握军权，皇帝想要调到军队，必须在朝堂之上征得群臣的同意，并通过兵部调动军队。如果朝中群臣不同意，皇帝也没有办法调动一兵一卒。试想，皇帝如果想御驾亲征，朝中群臣又怎么会同意呢？明武宗朱厚照就是个例子，想出征却不得其法，也只能偷偷溜出宫，改名朱寿，自封镇国公，到边军中过把将军瘾。正巧碰上蒙古入侵，朱厚照挺身而出，率军击败蒙古，取得应州大捷。朱厚照得胜归来时，以杨廷和为首的群中群臣却抹杀朱厚照的功绩，声称朱厚照率上万军队只杀了几十个蒙古人而洋洋得意，以为多大成就。历史上的应州大捷，明朝和蒙古出去超过10万大军，又怎么可能死几十个人就草草收场呢？这就是军权发生变化的结果。除了朱厚照，土木堡之役后的其他皇帝，都是一辈子呆在京城，甚至连皇宫都没有出去过。
土木堡之役前后的军权变换，其实反映的是明朝文臣与武将两个集团的斗争。朱元璋建立明朝后，曾严禁朝中群臣干涉五军都督府的军权，同样也限制武将干涉朝堂政事。在朱元璋看来，文能治国，武能安邦，文臣武将应各司其职，相互制衡。朱元璋忙于北征，疏于政事处理，又深感丞相权力太大，于是废除丞相，设诸阁大学士，共同参与政事，这也是明朝内阁的雏形。在明仁宗和明宣宗时，内阁的权力得到了较大的发展，文臣地位也得到提升，并开始插手军队事务。土木堡之役后，兵部彻底掌握军权，就意味着文臣从此将压制武将，明朝也开始文臣带兵打仗的先例，武将的地位也越来越低。为更好地控制军队，连武官也由兵部选拔，由文臣担任。
