于谦为击败也先，对此前未出战的京城卫队及京营三大军残军做了改编，组建团营。团营的组建打乱京营三大军和亲军卫队的原先的编制，而且一改此前明朝军队只能由宦官和武将统管的做法，增设都御使提督各营事务。于谦此举显然是让朝中群臣得以插手军队事宜。在京师保卫战中，于谦指挥得当，明朝击退了蒙古军，取得京师保卫战的胜利，救回朱祁镇。本来应该擅长军事的武将吃了败仗，而不擅长军事的文臣却取得战场上的胜利，这就表明文臣统管军队的做法是可行的。此时，明朝的军权已经转移到了兵部手中，五军都督府军权旁落。明代宗朱祁钰本就是朝中文臣扶起来的皇帝，在面对朝中群臣时表现得比较懦弱，对文臣手中的兵权也置之不理。
景泰八年正月，明英宗朱祁镇在徐有贞、石亨等人的帮助下，成功复位。朱祁镇对文臣集团大开杀戒，杀死于谦、王文等人，并废除团营，恢复京营三大军和亲军卫队。然而朱祁镇却没有重新扶持五军都督府重掌军权，军权仍然掌握在兵部手中，五军都督府名存实亡。
由此可见，在土木堡之役之前，明朝的军权是在五军都督府手中，皇帝通过五军都督府可以调动军队。明朝京营三大军和亲军26卫此前更是皇帝的私人卫队，皇帝可以任意调动。在土木堡之役之后，明朝的军权落入兵部手中，明朝京营三大军和亲军26卫也归兵部管辖，皇帝无权越过兵部调动军队。
