从智商来看，朱由校并非愚蠢弱智，但是由于没有子嗣，让他不得不进行身后事的安排，有传闻说，除了意外儿子被砸死外，其余的皇后或是流产，或是夭折，均是魏忠贤联合客氏所为，目的是为了长期把持朝政， "传闻忠贤与奉圣夫人（客氏）实有谋焉……是皇上亦不能保其第一子矣。"这时候，整个大明王朝就剩下他异母弟弟朱由检了。
在他最后接见臣下的时候，特意向大家说最近单独召见了五弟信王朱由检的信息，这是一种非常信息，就是要大臣们知道，自己去世后，大明交给弟弟了。因此这种打算也是完全出于无奈。
有野史记载，魏忠贤曾打算提前除掉朱由检，以此断绝他继位的可能，当与司礼太监王体乾商量时，他明确反对，并竭力阻止，因为他甚至朱由校的脾气："主上凡事憒憒，独独与兄弟夫妇间不薄，如有不测，我辈就没命了。"因此魏忠贤才停止计划。
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