阮元是一个很有能力的官员，特别是在平息盗匪方面很有一套。
他当了10年浙江巡抚。上任之初，浙江沿海一带的海盗十分猖獗，为害一方。而清军水师早已经失去了水上作战的能力，仅有的几条破船，甚至驶出港口都成问题。有的官兵还将沿海的炮台拆卸下来，变卖给海盗。
阮元没有泄气。他奏报朝廷，说明浙江面临的巨大困难，请求添置炮船。他还带头筹捐了五、六万两白银。嘉庆皇帝很感动，勉励他"显亲扬名，为国宣力，成一代伟人"。同时，通令东南各省协助浙江巡抚剿灭海盗。
经过阮元的整顿，清军水师战斗力得到极大的提高，在东南各省的协助下，与海盗打了几场硬仗，终于打掉了海盗的嚣张气焰。浙江海盗渐渐地销声匿迹了。
