事实上就算不在京城那又如何，在李世民身边最不缺的便是能人。在偶然的机会下，李世民得到消息李建成将会发动政变，将他斩杀，于是便赶紧与诸多谋臣讨论如何应对。在杜如晦看来，亲兄弟还要明算账，何况这是争夺皇位呢？古代以来为了争夺皇位而不择手段的人不在少数，不是你死便是我亡，为了保全自己还不如先下手为强。在他的劝说下，李世民终于下定决心发动了玄武门事变，将李建成和李元吉斩杀。李世民也成为了皇太子，杜如晦便被任命为太子左庶子。在唐太宗登基之后也陪伴在他身边，担任重要官职。
做事果断，与房玄龄合作，史称房谋杜断
贞观三年，杜如晦担任尚书右仆射一职，但是却仍然负责官员的选拔。在他的选拔之下，一批真正有才能的人，从此进入朝廷为官，使朝堂展现出了生机与活力。与唐朝时期另一位著名宰相房玄龄不同的是，房玄龄擅长出主意，但是却不敢轻易下决定。而这杜如晦却做事果断，能够在许多方法中选择最优，因此他们两个便经常合作完成，共同为唐太宗出谋划策，也就是后人常说的"房谋杜断"。杜如晦是一个扬长避短之人，他知道自己的短处，所以便与房玄龄合作，从而为皇帝挑选出最适合的方案。
