此事发生后，清政府立即进行抗议，并且电告"海圻号"前往古巴首都，古巴总统亲自会见，并且签署了讨好华人的城下之盟。此时清政府也像墨西哥政府递交了最后通牒，要求进行道歉，否则"海圻号"将驶入墨西哥。在清政府的威逼下，墨西哥政府服软。
在各种压力之下，墨西哥政府正式想清政府和中国人民道歉，而为了安慰遇害的华人，墨西哥政府愿意支付3000万墨西哥元，相当于当时的3亿美元。可以说在这一次事件中，清政府抛弃了以往的懦弱形象，反而强势无比，给人当年康熙时期强势的感觉。
然而在这份赔款协议签订之后不到20天，宣统下退位诏书，清政府灭亡，中国民国成立。而在中华民国成立之后也没有跟进这一分赔款协议，最后不了了之，十分可惜。当时濒临灭亡的清政府有这样一次硬气的表现，十分的令人唏嘘。
