朱元璋病逝后，其孙朱允炆继位，而徐辉祖因为和他关系很好被封为太子太傅。
没过多久，靖难之役爆发，徐辉祖作为南军大将多次北上抗敌，虽然屡立战功，但最终还是没能阻拦朱棣的大军。朱棣攻入南京后，徐辉祖守在祭奠父亲的祠堂而不去迎接朱棣，朱棣本想将其杀死，但徐辉祖是功臣之后，有着免死的特权，所以只得将其革去俸禄、爵位以示惩戒。最终，徐辉祖约四十余岁时便因病去世。
徐达的第二个儿子名为徐膺绪，因为功臣之后的身份，他官至中军都督佥事，还因朝廷的信任而世袭指挥使，官居三品。徐达的第三个儿子虽然名为徐添福，但早年夭亡，而和他名字相呼应的第四子徐增寿也没能增上太多寿，他本来官居左都督，但因为靖难之役时暗中与朱棣勾结而被建文帝杀死，史载，建文帝甚至是亲自"手剑斩之殿庑下。"
