10月12日户部尚书韩文率群臣请求诛杀宦官“东厂八虎”，大学士刘健、李东阳、谢迁复议。第二天朱厚燳15岁生日当天，韩文等人再次奏请，朱厚燳明确表示不准，反而用刘瑾掌管司礼监，丘聚、谷大用提督东、西两厂，张永督十二团营兼神机营，魏彬督三千营，各占局要职，把军事部分兵权抓在自己手里。这是朱厚燳第一次和文官集团正面冲突，大学是刘健，李东阳，谢迁用集体罢官相要挟，令他们想不到的是，朱厚燳根本不受威胁，留下李东阳，当即准了刘健、谢迁的请辞，二人当天就辞官退职。次日李东阳再次请赐，朱厚燳仍然不许，17日朱厚燳用吏部尚书焦芳兼任文渊阁大学士，吏尚侍郎王鏊兼任翰林学士，顶了刘健、谢迁的缺口入内阁。
23日朱厚燳下旨停了自己每天的听课，11月29日罢免强出头的韩文，12月13日朱厚燳命锦衣卫官调查六科给事中，给文官们一个下马威。某种程度上可以把这次调查看作官员监察制度真正的开始，贯穿明清的清查在武宗朝成为惯例。文官集团经营多年，实力强劲，不能彻底撕破脸，29日朱厚燳免除了曲阜孔氏田赋。稍微缓和了一下与儒生们的尴尬气氛。正德二年，朱厚燳先后用了三个月时间再次行动，先是依照锦衣卫调查结果，南、北两京给事中，御史被当众仗责、受刑。然后又以刘健、谢迁、韩文等五十三人拉帮结派的事迅诫群臣。同时命令各地镇守太监，参与刑狱政事，把人事任免权握在自己手里。
当年五月，朱厚燳令四万曾道还俗。恢复了第四代宁王的护卫军，六月停止开始于英宗天顺年间的长城修建，把工程款转到京师，打算用身边宦官和有实权的藩王，打压在孝宗朝一家族大的文官集团。八月，开始整修始于元代的豹房，耗资24万两白银，这件事成了正德荒淫无道的典型事例。实际上，当时有人听到豹房里兵戈之声，或许豹房的真正用途是练兵，如寒武帝的上林苑，明武宗要练就一支直属自己的军队，再不受人摆布。《明武宗实录》中记载他每天都在豹房中批阅大臣的奏章，作出各种决定。而他在豹房期间，边镇的军事力量不断增强，明军又敢于和蒙古骑兵野战了。斩首百人以上的战斗，孝宗朝只有王越偷袭贺兰山那一次，而武宗朝次数明显多了不少。
