公元582年，陈宣帝死后，萧摩诃辅佐陈后主登基，追斩始兴王陈叔陵，被加封为骠骑大将军、绥建郡公。隋军南征时，陈后主不顾萧摩诃的再三建议，拒不出兵，以致错过战机。
此时的萧摩诃虽然已经老了，仍然几次要求出战，不过，都被陈叔宝拒绝。后来，陈叔宝终于同意出战。不过，不可思议的事情又出现了。当萧摩诃在前方奋力打仗的时候，陈叔宝竟然在后方和萧摩诃的妻子搞到一起，给萧摩诃戴了一顶绿帽子。萧摩诃丧失了斗志，很快被对方抓住。陈朝灭亡后，萧摩诃随陈后主降隋，被授予开府仪同三司。
再勇猛的悍将，即使是吕布再世，也抵不住昏君自内而外的荒唐行为。因此，萧摩诃虽然打败了各地猛将，却败给了自己的君王，不得不说是很大的讽刺。
