明朝总督属于"临时派遣"性质，清朝总督属于常设官职。
前面说过，兵部尚书王骥曾经在用兵麓川时总督军务。当麓川战事终结后，王骥回到了京城，卸任总督。1450年，王骥又被明代宗命令为总督南京军务。
1449年"土木堡之变"后，瓦剌大军南侵，京师危在旦夕。兵部尚书于谦临危受命，负责总督京师军务。于谦随即打响了京师保卫战，击退了瓦剌大军。战后，于谦卸任总督一职。
此外，明朝还设立了三边总督，用以总督陕西、甘肃、延绥、宁夏军务；设立了宣大总督，用以总督宣大（宣府、大同的合称）、山西等处军务兼理粮饷；设立了蓟辽总督，用以总督蓟辽保定等处军务，兼理粮饷。
