其次，不懂得如何同上司搞好关系。袁崇焕同古代的名将一样，对待属下士兵是赏善罚信纪律严明，同时也能够同士兵同甘苦，共患难。但是，袁崇焕却无法处理好与上司的关系，在他领兵期间，和上司孙承宗、王在晋、高第、叶向高等人都很紧张，这种在官场上横冲直撞的行为，对他的仕途产生很坏的影响。
再者，独断专行，在成为蓟辽总督之后，袁崇焕凭借自己的军事才能，力排众议进行了大刀阔斧的战略部署。同时借助"红衣大炮"的威力，袁崇焕在对阵后金军队的过程中取得了宁远大捷，这一战不但使袁崇焕声名鹊起，同时也改变了明末以来大明王朝在军事上对后金的劣势。
然而，这一次的战役在给袁崇焕带来声望的同时，也埋下隐患。袁崇焕开始天真的以为凭借大明军队打败后金只是时间的问题。袁崇焕在对后金军队作战的过程中过分依赖军队，从不与当地军民沟通，常年累月的消耗战让当地百姓怨声载道、苦不堪言，导致军民矛盾出现了激化。
