同年，徐辉祖、方孝孺、卓敬、卢迥等人都得到了不同程度的平反，他们的后裔得到了抚恤。在南京做官的汤显祖亲自给方孝孺重塑衣冠冢，几经破坏与重修，现在方孝孺的墓还在南京市雨花台区雨花台烈士陵园东北山麓。
但是到了万历16年，大臣王祖嫡提出要为建文帝恢复名誉，恢复年号，补录历史的是时候。此刻的万历终于明白当年张居正对此事"冷处理"的原因。于是他喊停了这个提议！
因为他终于意识到朱棣当年"靖难之役"夺嫡成功，但是造成明初历史上那段空白，以及留给后世子孙的政治合法性的包袱。
的确此时距离朱允炆那段历史，已经隔着近200年。时间已经冲淡了很多政治敏感，此时再提朱允炆，对万历的合法性已经产生不了太大的影响了。而且明英宗也有释放朱允炆儿子的先例。但毕竟对于朱允炆本人，还是讳莫如深的！
