明成祖时，篡逆称帝的朱棣面临着朝野内外的巨大舆论压力，于是恢复了锦衣卫，又将诏狱之权尽数交给北镇抚司。锦衣卫的权力不断扩大，成为皇帝最为依仗的机关。后来，朱棣认为总部设置在宫外的锦衣卫调度不够方便，加上自己对宦官的信任，便在宫内设置了东厂，一方面，这也能够起到监视和节制锦衣卫的作用。
此后，锦衣卫和东厂开始了很长一段时间的对立时期，二者被并称为''厂卫''。不过随着刘瑾、魏忠贤这样权势滔天的东厂统领出现，锦衣卫逐渐式微，在斗争中处于下风，甚至时不时会附庸东厂以求自保和发展。
南明永历十五年(1661),明朝最后一任锦衣卫指挥使马吉翔在''咒水之难''中死于缅甸军之手，宣告了明朝锦衣卫制度的正式灭亡。清朝的锦衣卫则只存在了一年，便被''銮仪卫''所代替。
