正因为神策军发挥了巨大作用，因此也享受到极高的待遇和特权。一、与其他军队相比，神策军的给养富足，是其他部队的三倍之多，此外还有额外奖励；二、神策军的将官在迁转升任方面有优先权；三、在法律上享有赦免权。唐朝时期，御史监察百官，唯独不敢招惹神策军。有一年，御史崔远进入神策军驻地，被杖四十，流放外州。
极高的待遇和特权，让神策军吸引了大批权贵富家子弟的加入。他们的加入，使得神策军战斗力大幅度下滑，从一支善战的军队变成腐败堕落的特权集团。神策军在朝廷内外气焰嚣张、结党营私、专横跋扈、欺压百姓、无恶不作、干尽坏事。
到了后来，神策军更是不堪一击。
880年，黄巢起义军攻破洛阳，直逼长安。唐僖宗令大将张承范率领神策军迎击。张承范想选拔一批弓箭手，没想到神策军士兵全是一些中看不中用的银样蜡枪头，听说打仗就吓得抱头大哭。这样一支军队，怎能抵御敌人呢？
很快，黄巢起义军就攻破了长安。唐僖宗不得不南逃入蜀。神策军败的败、散的散、降的降。此后，神策军风光不再，到902年，宣武节度使朱温率军进入关中，把持朝政，解散了神策军。
在唐朝中晚期活跃了147年的神策军，就此寿终正寝。
