几个月后，攻陷安庆这场战争取得了最终胜利，但程学启也付出了很大代价的。曾国荃到这时候才接纳程学启，让他剃发，对他有了些信任，并被清廷封为游击，后又擢参将。但此战的惨状也让程学启心生芥蒂，不满曾国荃的领导。在1862年，太平军攻打上海，当时清廷要曾国藩分兵去救上海，无奈之下只好派幕僚李鸿章去募军代替他去。程学启听说这件事情后非常高兴，于是一面联系李鸿章表示愿意为他效力，一面请求曾国荃允许，最后终得以带本部人马归建淮军。
但这只是开始而已，程学启得到信任被封官之后，越发一心为清廷办事。程学启在跟了李鸿章之后得到李鸿章的器重，彻底的施展开了拳脚，屡立战功，淮军创立之初，离不开程学启的功劳。曾担任淮军的开路先锋，战江苏，破苏州，攻浙江，下嘉定等，战功卓越，这其中对于程学启来说最重要的就是--苏州之战。
当时江苏、浙江各要地接连失陷，于是郜永宽等聚守保卫苏州，而清朝则是派江苏巡抚李鸿章的淮军和英国戈登的常胜军去攻打苏州。可此时的苏州主将虽是慕王谭绍光，但郜永宽八人却早存降敌之心，而其中有心反叛的部队，占苏州守军将近四分之三，在各自的指挥权独立情况下，苏州太平军内部局势复杂。
