你可以简单地解释为小说情节的漏洞，也可以这么理解，火烧藤甲兵是诸葛亮自己作出来的，本来不必要死这么多人，所以他得承受代价。
首先先要明确一点，历史上的诸葛亮可从来没有火烧过什么，所谓火烧新野、火烧博望坡、火烧藤甲兵、火烧上方谷，那都是小说帮他烧的。所以这里就只能从小说本身来分析，历史上是找不出原因了。
从小说来说，之前的火烧，那是为了让刘备脱险啊，为了逃避曹操的大军啊，是为了宣扬正义啊，扶保汉室啊，你怎么说都行，反正是打的曹操，那在小说中，曹操是奸臣代表，烧他的兵不算事。但是藤甲兵不一样，他们是不服蜀汉管制，并不是穷凶极恶之徒，而诸葛亮本身也有机会避免火烧藤甲兵，杀伤这么多人，因为自己的失误才导致最后反而要杀这么多人，所以要折诸葛亮的阳寿。这算是说的通的。
