最终蔡锷领导发动了云南重九起义攻占了云贵总督府，蔡锷本想请李经羲对外宣布云南独立，请李经羲出任中华云南都督府都督，但真当李经羲要在革命起义和拥护清政府之中选择，他还是选择了拥护清政府，李经羲以李家世代深受清政府恩典为理由拒绝了蔡锷的请求，蔡锷无奈，只得让李经羲写信劝蒙自总兵交出兵权放弃抵抗，李经羲此时已经明知清政府覆亡在即，也决定放弃抵抗，避免战争冲突，于是写信命令蒙自地区放弃抵抗。
蔡锷以此为理由在革命军面前为李经羲开脱，最终李经羲全家人在蔡锷的保护下安全地离开了昆明前往上海避居，在途中李经羲被革命志士剪掉了长辫。
之后李经羲曾短暂在民国政府出任官职，张勋复辟前大总统黎元洪因为与总理段祺瑞的府院之争罢免了段祺瑞总理职务，任命李经羲为总理兼财政总长，上任不到一周就爆发了张勋复辟，李经羲宣告下台。
此后李经羲对政治索然无味，一直居住在上海家中过着富足闲散生活，直到1925年在上海寓所去世。
