与此同时，沙俄也对我国北方地区虎视眈眈，趁机占领清朝大面积领土，沙俄趁着中国新疆起义时，逼迫清政府签《中俄勘分西北界约记》条约，此后四十四万多的领土被沙俄侵占，并且沙俄对外宣称承认阿古柏政权，在伊犁被占领后，清政府曾与沙俄进行谈判，但没有效果，于是清政府下定决心使用武力收复。
除了沙俄对于我国新疆地区垂涎已久，就连英国也想分一杯羹，英国在征服印度后，对中国南疆地区也有想法，阿古柏趁机拉拢英国的支持，在此背景下，清政府命令景廉、成禄等人尽快收复乌鲁木齐等地区，又令刘铭传率大军出关，还令左宗棠"妥筹兼顾"。但有些将领无心开战，成禄身为乌鲁木齐提督，却驻守不前，甚至压榨百姓，收刮民财，刘铭传称病不肯出关，将领景廉又没有带兵的经验，只有左宗棠站出来下定决心收复失地。
左宗棠顶着巨大压力，当时清政府海防兵力不足，李鸿章等人甚至请求暂时放弃边塞，主张海防，清廷想听听左宗棠的看法，左宗棠认为："关外一撤，藩篱难保；闭关自守，势不可能。"从历史的角度来看，左宗棠的看法确实是正确的，不能拆东墙补西墙，在国家主权方面，不能开这个口子。
