通政司历经在洪武、永乐、洪熙、宣德四朝，一直受到朝廷重视。然而好景不长，到了正统初年，英宗九岁即位，无法临朝理政，内阁"三杨"代帝秉政，明初发挥重要作用的常朝就此流于形式，终明一代未有改观，通政司的权力就此失去一大块，"每遇常朝，通政司奏事原不拘起数。《寓圃杂记》云，自太祖相传，列圣临朝，每至日昃，不遑朝食，惟欲达四聪以来天下之言。英宗以幼冲即位，三阁老杨荣等虑圣体易倦，因创新制，每日早朝，只许言事八件。前一日先以副本诣阁下，豫以各事处分陈上，遇奏，依所承传旨而已。英宗既壮，三臣继卒，无人敢复祖宗之旧。至天启时，惟奏二事。及余于崇祯之十年间侍班，犹见奏四事，格套相沿，无裨实政。"
图3 《寓圃杂记》明朝王锜撰，是书载明洪武迄正统间朝
到了明代中后期，皇帝怠于政事，很少批阅奏章，通政司地位更是每况愈下，在其中任职的官员甚至会受到朝臣歧视，其中最典型的是万历朝时一次朝臣站班位次争端。
万历十三的一次朝会时，时任掌通政司事工部尚书的倪光荐按照洪武朝制定的《礼仪定式》本应站在都察院长官赵锦前面，然而以强鲠著称的赵锦就此勃然大怒，公然说"我不能尾讴儿之后"，并拒绝入朝班站位。退朝后，更是对时任吏部尚书的杨巍表明自己的态度："部院大臣品级相同，而班有先后，则以衙门为序。今光荐品仅与锦同，而仍掌通政事，乃欲班锦上，是以通政加于都察院之上，非制也"，认为倪光荐即使兼任工部尚书，但因其仍然执掌通政司事务，站班就不能排在掌管都察院事务的自己之前。
