左懋第的意思是说，我虽然去议和，但请陛下不要认为议和就能拯救南明，唯有整治军队，收复失地才是正理。
左懋第知道自己此行凶多吉少，便留下遗言："北行之日，是懋第死日也。"
崇祯十七年（清朝顺治元年），左懋第来到北京，当时顺治帝年幼，军政大权都掌握在摄政王多尔衮之手。多尔衮让左懋第居住在四夷馆中，左懋第义正言辞地说："若以属国之礼相见，宁死不入"。多尔衮很欣赏左懋第的骨气，便安排左懋第入住鸿胪寺。
在北京期间，多尔衮亲自招待左懋第，并且好言相劝，希望左懋第投降清朝，左懋第差点掀翻桌子。当时明朝前兵部尚书洪承畴也来相劝，甚至连左懋第的堂兄左懋泰也希望左懋第降清，左懋第写了一个对联曰：生为名臣，死为忠鬼！众人见劝降无果，都很无奈。
左懋第被多尔衮扣押了半年之久，这个期间，清军南下，攻下南京，在全国范围内强迫汉人剃发易服，左懋第随行的官员中有人剃发，被左懋第强行杖毙。多尔衮以"杀人偿命"为由，逮捕左懋第。在狱中，多尔衮质问左懋第："你说你是明朝的臣子，那你这半年为何吃清朝的粮食呢？"左懋第回答："不是我吃了清朝的粮食，而是你们抢了我大明的粮食。我们国家遭逢大难，但我并不是亡国之奴。"多尔衮气结，怏怏而去。
