安政七年（1860年）3月3日，十余名水户藩浪士在江户樱田门外伏击了水户仇敌井伊直弼，为家主报了一箭之仇。井伊直弼虽死，德川齐昭的蛰居令仍未解除，同年8月15日，德川齐昭忧闷而死。水户藩内群龙无首，一时极为混乱。武田耕云斋试图调整藩内各派势力，力图达成一致，但徒劳无功。
元治元年（1864年）3月，藤田东湖的第四子藤田小四郎在筑波山集结倒幕同志，组成了"天狗党"，继续尊王攘夷活动。武田耕云斋劝说现在起兵为时尚早，但小四郎反而邀请耕云斋加入，任天狗党首领。武田耕云斋起初严词拒绝，但藤田小四郎数次相邀，恳切至极，武田耕云斋最终同意。天狗党起初试图控制水户藩，举一藩之力行尊王攘夷之事，但遭到藩内保守派的抵制。数次激战之后，天狗党因受到江户幕府讨伐军和藩内保守派的夹击，仍然未能控制水户。天狗党的首领们决意前往京都，面见先代主君德川齐昭的儿子一桥庆喜。一桥庆喜当时任禁里御守卫总督，机敏聪慧，素有才名。武田耕云斋等人想当面向一桥庆喜陈明水户藩现今的状况，并向他提出希望幕府向尊王攘夷的方向转变的议案。 为了尽可能地降低江户幕府对天狗党的反感，武田耕云斋等人制定了极为严格的军令： 1.不得伤害无罪之人。 2.不得擅入民宅，肆意偷盗。 3.不得调戏妇女。 4.不得破坏农田。 5.不得擅自行动。 为了让军令得到严格的执行，武田耕云斋还规定，一旦有军士违反军令，立刻就地正法。
元治元年（1864年）11月1日，总数约1，000名的天狗党向着一桥庆喜所在的京都进发。当时，江户幕府认为天狗党乃是尊王攘夷的乱党，已然颁下了讨伐命令，天狗党的西上之行势必极为艰辛。但是，武田耕云斋一方面命令军士严守军令，另一方面积极与行军途中的藩主们联系，请求他们同意天狗党借道西行，力图避免战争。各藩藩主虽都接到了幕府命令，但反应各异。其中，同情天狗党的藩主不在少数。有的藩主故意让镇守的藩兵撤退，以便天狗党顺利通过，甚至还有藩主命令家臣资助天狗党，或准备酒饭加以款待。
