明朝开始，中央就开始设立总督这一官职。在明代，总督一职并不在正常官职序列里，一般总督大都是在需要时，从其它官员中抽调出来，临时担任此任务的。就比如说著名的抗倭名将戚继光的上司，胡宗宪，时任直浙总督，专办抗倭事宜。
清朝建立后，在康熙朝，总督一职才算是固定下来，成为了正经的官职。当时的总督分两种，一种是负责某些全国性事务的总督，比如漕运总督，河道总督，这些总督只督查分内工作，直接向皇帝负责。还用一种就是掌握地区军政大权的总督，比如四川总督、两广总督等。
一般得漕运总督，河道总督等，渐渐得在社会发展中变为虚职，但地方总督却越来越掌握实权。
到了咸丰年间，基本各直隶的总督都把持着各自辖区内基本上所有的权力。军务，海关，外交，商业都归总督管理，俨然成为了一个小朝廷。
