主持军务失败被革职流放
太平天国运动失败后，大清内部更不太平，列强越加虎视眈眈，形势十分危急。史载他"累疏陈经国大政"，慷慨激昂纵论天下之事。
1883年，中法战争爆发，他一连上奏章十多篇，坚决主张抗法。他的奏章写得好，尤其是议兵疏写得颇具特色，分析形势，提出对策，把握时机，调兵遣将，各方面都说得滴水不漏头头是道。一些曾参加剿灭太平军、捻军的元勋重臣都啧啧称奇。慈禧太后打心眼儿折服，认为他很有见地，是个不世的军事奇才，便授予他三品卿衔会办福建海疆事宜、兼署船政大臣。
中法战争主要有两个战场，第一阶段在越南北部，第二阶段在东南沿海一带。如日中天且挟浩荡皇恩的张佩纶，虽说是"会办"，福建巡抚张兆栋、福州船政大臣何如璋、福州将军穆图善等当地官员，谁敢不听他的？让一位从来都没有带过兵甚至没上过前线的一介书生，实际主政半个战场。老佛爷的魄力真格儿大！
